雖然不同制冷類型的冷藏集裝箱所設計的制冷裝置不同，但是它們的整體結構設計相同，都是長方體結構，中間留空用于裝載貨物。冷藏集裝箱的側板和頂板都是由硬度較強的冷軋鋼板制成，內外涂有防銹的涂料，可在日曬雨淋的環境下使用。除了在制作材料上有嚴格要求外，側板和頂板的結構設計也有一些技巧。

冷藏集裝箱的設計師喜歡在側板和頂板內分別布置側柱和頂梁，特別是尺寸較大的箱體，這樣的設計可以進一步增強側板和頂板的強度。側柱和頂梁一般按“Ω”形設計，其背面與外側板對接焊接，兩邊伸出部分既可提強度高，又可防止外側板與發泡體剝離。就側板而言，由于外板筋嵌入發泡層中，所以應將側板設計成凹槽中的“I”形，讓板筋與側柱對接焊接時可將焊點落在凹筋上，提高冷藏集裝箱外形美觀性和側板的強度。

在冷藏集裝箱的側柱、頂梁和側板之間的連接處是焊縫，其熱焓較高，熱傳導現象相對嚴重，容易導致箱外表面出現結霜。當貨柜開始啟動冷藏功能時，焊縫處熱傳導速度較快，該處箱體外部降溫相對明顯，從而出現了結霜。為了減少結霜現象，在設計時要注意確保側柱、頂梁和側板之間的距離在10mm以上，并在它們之間插入硬泡沫塊。泡沫具有一些的保溫效果，可以適當減緩熱傳導現象，從而緩解冷藏集裝箱表面的結露。

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